No existe documento o acta que establezca con precisión la fecha y lugar de fundación del Hospital san Rafael la versión más generalizada es la que Cuentan algunos moradores de la época de antaño, que el Alto de El Águila como era llamado anteriormente nuestro Municipio, contaba con un puesto de salud, que escasamente prestaba los servicios de primeros auxilios y dependía directamente de El Municipio de Anserma Nuevo; a partir del año 1.954, se empezó a contar con un centro de salud, que contaba con un medico, ayudante de enfermería, que venían ocasionalmente a el Alto de El Águila a prestar los servicios de consulta médica.

Cuando se presentaban casos de suma urgencias eran transportados en barbacoas (Especie de camilla) ya que el Águila no contaba con vías de acceso (carretera). El origen del nombre es desconocido, ya que nadie sabe el por qué de este nombre; fue así que empezó a funcionar el centro Hospital San Rafael con una planta de personal compuesta por cuatro funcionarios, Medico, Administrador, Auxiliar de Enfermería y Aseadora, funcionando por primera vez en una propiedad del Municipio donde funcionaba la escuela Guillermo León Valencia.

Siendo reubicada donde es hoy día el Colegio José María Córdoba, teniendo encuentra que estas instalaciones no eran las más indicadas para su funcionamiento y mirando la necesidad de ampliar los servicios se adecuo las instalaciones donde funcionaba la escuela desde el año 1.970 hasta el 27 de Noviembre de 1.994.

Algunos representantes de la comunidad al observar las dificultades, vieron la necesidad de independizarse y crear su propio centro de salud fue así que se gesto la idea y en el año de 1.969 se conformo una junta directiva la cual estaba integrada por: FIDEL CIRO, FABIO GARCIA, RODRIGO QUINTERO, JAVIER VALDEZ, LIBARDO CLAVIJO, ORLANDO NOREÑA, Dicha junta se encargo de gestionar recursos para la construcción del nuevo Hospital, logrando que esta obra se llevara a cabo durante la gobernación de Carlos Holguín y la alcaldía de Sr. Libardo Herrera dicha obra es donde funciona el Hospital actualmente más amplio con nuevas salas y nuevos servicios como sala de partos, odontología, farmacia y laboratorio.

En el año 1996 se denomina como Empresa Social del Estado donde inicia su propio venta de servicios a EPS, ARS y a la Secretaria de Salud para su propio sostenimiento hasta nuestros días.